Thời kỳ công tác tại địa phương, ông tham gia chỉ đạo chuyên môn ở Sở Giáo dục và Đào tạo, sau là Hiệu trưởng Trường Năng khiếu (trường Chuyên) liên cấp THCS và THPT. Trường do ông quản lý có nhiệm vụ phát hiện và bồi dưỡng những học sinh giỏi, học sinh có năng khiếu ở các lớp học Phổ thông. Thời kỳ công tác tại Bộ Giáo dục và Đào tạo. Với cương vị Phó Vụ trưởng Vụ Giáo dục Tiểu học, ông đã trực tiếp tham gia quản lý các hoạt động liên quan tới triển khai Chương trình và Sách giáo khoa mới giai đoạn sau năm 2000; Có đóng góp lớn trong việc phát hiện và xây dựng thành công phong trào trường chuẩn quốc gia trên phạm vi cả nước, đồng thời triển khai hiệu quả Dự án cho trẻ em thiệt thòi do UNICEF hỗ trợ kinh phí.
Trong vai trò Vụ trưởng/Giám đốc Dự án Giáo dục Tiểu học cho trẻ em có hoàn cảnh khó khăn (PEDC), ông đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Dự án PEDC do ông quản lý là Dự án lớn nhất của Bộ Giáo dục và Đào tạo, với tổng kinh phí 243,7 triệu USD (trong đó có 61,6 triệu USD do các nước Anh, Úc, Canada và Nauy viện trợ không hoàn lại); Dự án có mục tiêu nâng cao chất lượng giáo dục tiểu học cho học sinh có hoàn cảnh khó khăn thuộc 44/ 63 tỉnh trong toàn quốc; Thời gian nghiên cứu và triển khai dự án kéo dài trong suốt 10 năm đầu của thế kỷ XXI .
Trong vai trò là Cố vấn cao cấp, Chuyên gia trưởng Dự án Mô hình trường học mới tại Việt Nam (VNEN), ông đã góp phần thay đổi nhà trường truyền thống trở thành những nhà trường đổi mới, theo hướng phát triển năng lực, phẩm chất toàn diện cho học sinh. Dự án VNEN với kinh phí viện trợ không hoàn lại của GPE là 84.6 triệu USD và đã áp dụng rộng rãi mô hình tại 4.800 trường tiểu học (chiếm 32% tổng số trường cả nước) và tại 1.500 trườngTHCS (chiếm 14% tổng số trường cả nước)
Phó Chủ tịch HĐQL Quỹ
Bà Nguyễn Phương Linh hiện là viện trưởng Viện Nghiên cứu Quản lý Phát triển bền vững (MSD- www.msdvietnam.org). Bà có bằng thạc sĩ chuyên ngành Quản lý Chiến lược (theo chương trình học bổng International Student House của nữ hoàng Anh) và nhiều chứng nhận quốc tế như chứng nhận Lãnh đạo cộng đồng của Đại học George Washington – Mỹ, Đại Sứ Toàn Cầu của Vital Voices – Mỹ, Giáo dục về Quyền con người của Equitas – Canada, Mạng công nghệ số có Trách nhiệm của Đại học Lý Quang Diệu – Singapore, v.v.
Bà Linh là người đã phát triển Phương pháp ODIC (Phương pháp Phát triển Tổ chức bằng Văn hoá truyền cảm hứng) để nâng cao năng lực cho các tổ chức địa phương và mang tới các chương trình nâng cao năng lực cho hàng trăm tổ chức phi chính phủ và doanh nghiệp tại Việt Nam. Cụ thể, bà đã tham gia huấn luyện trên 100 tổ chức địa phương về phương pháp đạt được quản trị hiệu quả, thực hành tốt về thực hiện các mục tiêu Phát triển Bền vững (SDGs), nâng cao trách nhiệm xã hội của doanh nghiệp, tính minh bạch và trách nhiệm giải trình, huy động nguồn lực và xây dựng mô hình tổ chức thân thiện với trẻ em. Bà đã biên soạn và xuất bản rất nhiều sách, cẩm nang và nghiên cứu khác nhau liên quan tới NGOs và doanh nghiệp bền vững tại Việt Nam, Giáo dục về Quyền Trẻ em, Kỹ năng số, v.v. MSD là đối tác trong thúc đẩy phát triển bền vững và trách nhiệm xã hội doanh nghiệp
Ở cấp độ quốc gia, bà Linh là người điều phối quốc gia của mạng lưới Quản Trị Quyền Trẻ Em, điều phối quốc gia mạng lưới Không Ai bị bỏ lại phía sau (LNOB) Việt Nam, thành viên Hội đồng GBVNET và chuyên gia tư vấn cho các bộ, ban, ngành chính phủ như Quốc Hội, Bộ Nội Vụ, Bộ Lao Động-Thương Binh và Xã Hội, bộ Kế hoạch và Đầu tư, bộ Khoa học và Công nghệ, v.v… trong các vấn để liên quan tới phát huy sự tham gia, vai trò của các TCXH và doanh nghiệp và Giáo dục, phát triển bảo vệ Quyền Trẻ em và thanh niên.
Trên cấp độ quốc tế, bà Linh tham gia nhiều mạng lưới toàn cầu và trong khu vực như, đồng phó chủ tịch Liên minh phát triển Châu Á, thành viên Hội đồng quản lý của Đối tác Không ai bị bỏ lại phía sau, Mạng lưới Minh bạch Giải trình toàn cầu, đối tác quốc gia của APRN, ROA, CAPS, v.v.
Bà Nguyễn Phương Linh thường xuyên được mời với tư cách là đại biểu và chuyên gia tư vấn trong các sự kiện toàn cầu được tổ chức bởi Liên Hợp Quốc, Ngân hàng Thế Giới (World Bank), hay các chính phủ có uy tín như Mỹ, Canada, Thụy Điển, Hàn Quốc, v.v.
Phó giáo sư, Tiến sĩ Kinh tế học, chuyên gia cao cấp về Kinh tế giáo dục, Quản lý giáo dục. Nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu khoa học Quản lý giáo dục thuộc Học viện Quản lý giáo dục
Bà có 35 năm kinh nghiệm về giảng dạy và nghiên cứu về Quản lý giáo dục. Bà có nhiều kinh nghiệm làm việc với nhiều tổ chức quốc tế lớn như WB, ADB, UNESCO, UNICEF,… và các tổ chức Phi Chính phủ trong nước, quốc tế như Save Children Sweden, ChildFund, ….với nhiều dự án giáo dục. Gần đây nhất, bà là Trưởng ban chuyên môn Chương trình Phát triển các trường sư phạm để nâng cao chất lượng đội ngũ giáo viên và CBQLGDPT (ETEP) của Bộ Giáo dục và Đào tạo.